Năm Kỷ Tỵ, Trị Bình Long Ứng thứ 5 (1209), xảy ra Loạn Quách Bốc, thiên hạ đại loạn.

Lý Cao Tông cùng An Toàn hoàng hậu và triều đình họ Lý bỏ chạy lên Quy Hoá, riêng Thái tử Lý Hạo Sảm chạy về Hải Ấp, nơi gia đình của Trần Lý cai quản. Thái tử Sảm lấy con gái của Trần Lý, em Trần Thừa là Trần Nhị Nương[lower-alpha 2] làm vợ. Nhân có chính lệnh của Thái tử Lý Sảm và có em vợ là Tô Trung Từ làm quan trong triều, Trần Lý có lý do phát triển lực lượng để đánh Quách Bốc. Trần Thừa cùng Trần Tự Khánh giúp cha và cậu thực hiện ý định đó.

Năm sau (1210), Tô Trung Từ và Trần Lý đánh bại Quách Bốc. Trong khi đánh dẹp, Trần Lý bị tử trận[lower-alpha 3]. Không lâu sau Cao Tông băng hà, Thái tử Sảm lên ngôi, tức là Lý Huệ Tông. Huệ Tông lập Trần Nhị Nương làm Nguyên phi (元妃). Cậu Trần Thừa là Tô Trung Từ nắm quyền điều hành triều chính.

Năm Tân Mùi, Kiến Gia nguyên niên (1211), Tháng 7, Tô Trung Từ đang đêm sang Gia Lâm tư thông với Thiên Cực công chúa, bị quan nội hầu Vương Thượng là chồng của Công chúa giết chết[lower-alpha 4][4].

Con rể của Tô Trung Từ là Nguyễn Ma La (cũng gọi là Nguyễn Đà La) thấy cha vợ bị giết, triều đình nghiêng ngả, bèn sang nói với Trần Thừa, xin tiến binh dẹp yên ấp Khoái. Nguyễn Ma La cùng với vợ là Tô thị (em họ Trần Thừa) lên thuyền sang đạo Thuận Lưu để gặp bộ tướng của Tô Trung Từ là Nguyễn Trinh thì bị Nguyễn Trinh giết rồi cướp lấy Tô thị đem về. Tô thị bèn sai người tố cáo với Trần Thừa. Ông lập mưu sai Tô thị dụ Nguyễn Trinh đến và giết chết. Thiên hạ hỗn loạn, nhiều hào trưởng nổi dậy tranh hùng.

Năm thứ 3 (1213), không chịu sự thao túng của Trần Tự Khánh, Lý Huệ Tông cùng thái sư Đàm Dĩ Mông tự làm tướng, hẹn với quân Hồng Châu của họ Đoàn đi đánh họ Trần. Hai bên chia quân, Trần Thừa đón đánh Đàm Dĩ Mông ở bến An Diên[lower-alpha 5], còn Tự Khánh đón đánh Lý Huệ Tông ở Mễ Sở. Lý Huệ Tông thất thế phải chạy lên Lạng Châu.

Trong những năm sau, nhờ tài cầm quân của Trần Tự Khánh và Trần Thừa, anh em họ Trần chiếm ưu thế trong cuộc chiến với các hào trưởng địa phương và nắm được triều đình nhà Lý. Nhờ công phò tá triều Lý, ông được Lý Huệ Tông phong làm Nội thị phán thủ năm Bính Tý (1216).[2]

Năm Quỳ Mùi, Kiến Gia thứ 13 (1223), sau khi Trần Tự Khánh mất, ông được Lý Huệ Tông phong làm Thái úy Phụ chính,[2] cùng với em họ ông là Điện tiền chỉ huy sứ Trần Thủ Độ thao túng triều đình.